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.fai, index de fichier fasta
.fai, index de fichier fasta Introduction Un fichier .fai est un index d'un fichier fasta, décrivant le positionnement de chaque séquence dans le fichier pour permettre une exploitation rapide de son contenu. Ainsi, il sera facile d'extraire rapidement le contenu d'une séquence en utilisant des coordonnées précises. Contenu Pour chaque séquence, le fichier contient...
Bioinformatics
Bioinformatics divers ...
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Découverte de la bioinformatique (stage de collège) Introduction Qu'est ce que la bioinformatique ? Comme vous pouvez l'entendre c'est le mélange de la bio (biologie) et de l' informatique, ou plutôt de l'informatique spécialisé pour la biologie. L'informatique est maintenant partout, à la maison avec la domotique, dans les banques ou encore dans...
Other
Other divers ...
Python
Python ateliers Python - version Python 3.7 ...
Python
Initiation POO Python Implementation - solution Voici une proposition d'implementation: #!/usr/bin/env python3.7 class Seq(object): def __init__(self, seq, seqType): self.seq = seq if seqType not in ("nuc","prot"):...
Python
Suite POO Python Implementation - solution Voici une proposition d'implementation: #!/usr/bin/env python3.7 class AbstractFeature(object): def __init__(self, seqid, start, end, id): if self.__class__.__name__ == "AbstractFeature": raise Exception("Cannot instanciate AbstractFeature class, need to be sub-classed")...
Python
Python tester son code pour le rendre plus fiable Implementation - solution Voici une proposition d'implémentation. Implementation du test unittest dans le script test_System.py: #!/usr/bin/env python3.7 import unittest import doctest from System import System class TestSystem(unittest.TestCase): def setUp(self): # print("Initializing data for tests")...
Python
Initiation POO Python Introduction Pour cette première approche de la programmation objet en Python, nous allons principalement faire de la revue de code et une implémentation naive d'un petit use case. Le but principal de cette première session est de s'inspirer de code existant dans le but de comprendre la logique de...
POO Python suite
POO Python suite Introduction Maintenant que nous avons abordé la POO par des exemples simples, nous allons pouvoir rajouter quelques notions plus complexes qui mettent en avant l'intérêt de l'approche objet. De la même façon que pour l'atelier précédent, nous allons extraire du code de logiciel, qui nous servira de support au...
Python, tester son code
Python tester son code pour le rendre plus fiable Introduction Afin de rendre son code plus robuste et plus fiable, il est impératif de mettre en place un ensemble de tests permettant de valider le fonctionnement du code. Les tests sont les garants du résultat. Par ailleurs, pour qu'un code soit facilement...
Python scientifique - session 1
Python scientifique ... Introduction blbla plusieurs session 1 Execution du code temps/mémoire Calculer le temps d'éxecution Si vous êtes sous linux et que vous souhaitez simplement tester le temps d'execution d'un script, le plus simple est d'utiliser la commande system time. time.py: #!/usr/bin/env python3 import time time.sleep(5) execution: time ./time.py real 0m5.050s user 0m0.036s sys...
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